Myšlení vůbec je samo sebou svobodné. Myšlení je nejurčitěji osnováno vědou a filozofií. Svobodné myšlení je racionalismus, svobodný rozum. Myšlení, věda, filozofie kritizují. Kritika, kriticismus je podstatou svobodného myšlení. Myšlení je vždy individuální. Pravda se nedá odhlasovat, a přijímá-li masa pravdu, může ji opravdově přijmout jen tehdy, přijme-li ji každý jednotlivec uvědoměle. Naše doba je subjektivní citově i rozumově, a proto je také individualistická. - Negace, pouhá negace, není ještě kritika. I negace je někdy dobrá; je osvobozující, troufá-li si někdo říci: ne.
Vás věru nezrodila matka česká; spíš netvorná, zlo sálající saň, jež nad hlavou nám perutěmi tleská a stále žádá české krve daň. Kéž v národě juž vstanou bohatýři: zde mocný Trut, tam jasný světec Jiří, a pravdy ostřím rozpoltí vám skráň! [4]
Ve sporu a boji o Rukopisy královédvorský a zelenohorský pociťoval jsem především mravní význam pro náš národ, totiž že vynikající spisovatelé chtěli národu pomoci nepravdou, lží. Lež bývá zbraní slabého, potlačeného, a lež sama je slabá. Jest sebeklamem, sebeobelháváním. Falešné Rukopisy nám nepomohly. Přímo úžasem mne naplňovaly důkazy obhájců, že podvrhy jsou základem všeho našeho kulturního úsilí; že se bez nich propadneme. Obhájcové to pojímali docela materialisticky - speciálně tato nekritičnost mne dráždívala. Ze samého počátku jsem rukopisný boj posuzoval symptomaticky: jelikož jsme v důležitém oboru duchovním prokázali takové slabosti, jaký byl a je náš stav celkový, jak dovedeme myslit a usilovat v oborech jiných a zejména také prakticky? Neodpovídá falešnosti rukopisné falešnost politická, hospodářská atd.? Odtud úsilí moje po kritické revizi našeho snažení obrodního, o snažení vědomější. Odtud pokračování ve filozofii historie Dobrovským a Kollárem započaté. Odtud další moje snahy sociální a politické. Odtud realism, jak jsem jej pojímal a posud pojímám. [5]
Filozof pochopuje a vida v tom prostředek, kterým Prozřetelnost člověčenstvo vede k vyšší mravnosti a hlubšímu věcí poznání, pochod ten studuje a z vývoje jeho nejen teoretická, ale i praktická poučení si béře, jak sám ve vřavě té se má chovati. Pro vědeckou činnost svou drží se pravidla velkého filozofa svatého Augustina, řkoucího: "Milujte lidi a potírejte omyly - nejde v prvé řadě o náboženství nebo o filozofii, ale o pravdu." [6]
[1] Grégr, Julius: Na obranu rukopisů Králevodvorského a Zelenohorského. 2. vyd., Praha 1886, s. 58.
[2] List redaktora Athenaea, prof. T. G. Masaryka, ke spisovateli článků předešlých. In: Athenaeum, (listy pro literaturu a kritiku vědeckou) 3, 1886, č. 5, 15. února, s. 164-168. Cit. ze s. 165.
[3] Neruda, Jan: Dopisy I. Praha, SNKLU 1963, s. 296.
[4] Heyduk, Adolf: Zákopníkům přenárodnění. In: Zlatá Praha 4, 1886, s. 276.
[5] Masaryk, T. G.: Před 25 lety. In: Boj o podvržené rukopisy. Zpomínky po 25ti letech. Redigoval Jan Herben. Praha, Knihovnička Času č. 58, 1911, s. 44-45.
[6] Masaryk, T. G.: Základové konkrétné logiky. Spisy TGM, sv. 2. Praha, Masarykův ústav AV ČR a Ústav TGM 2001, s. 170.