Právě jako exaktný badatel byl Mareš svým jemným svědomím vědeckým přímo nucen zúčtovati si záhady, které byly podkladem a podmínkou jeho vědecké práce. Co to jest experiment a jaký jest jeho význam? Co se jím může dokázati a co nikoliv? V čem jest tzv. exaktné poznání a jaká jest jeho hodnota? Co jest předmět a podmět vědecký a jak jest zúčastněn při díle vědeckém? Co jest skutečnost a jaké má stupně? Co jest v díle vědeckém pravda a co iluse? Kolik dočasného a přibližného má každá vědecká teorie?
F. X. Šalda v článku: František Mareš, osvoboditel   (Kmen 1917/č. 37)

Publikace prof. Mareše:
Vědecké methody realismu zvláště v otázce Rukopisů  (1927)
Klamnost důkazů podvržení RKZ  (1928)
Boj proti Rukopisům kteraký by konec měl vzíti  (1929)
Pravda o Rukopisech Zelenohorském a Královédvorském  (1931)
Poslední vzdory pravdě o Rukopisech  (1933)
Marnost bojů proti Rukopisům  (1933)
Starodávné básně rukopisů Zelenohorského a Královédvorského   (1934)
Remarques sur le probléme des Manuscrits tchéques  (1936)
Strach z pravdy  (1937)
Nepravdivé legendy o RZK  (1938)

Studie a články prof. Mareše:
PROTI SOFISMATŮM sborník odpovědí na nejnovější protirukopisové kampaně (Praha 1937)
- Poznámky k článku doc. Jindř. Šebánka: "Rukopisy" po stránce paleografické
- Poznámky k článkům prof. Fr. Trávníčka: "Rukopisy" po stránce jazykové
- Odpověď univ. prof. Dra. F. Mareše na "Otevřený list" prof. Trávníčka
- List prof. Mareše p. prof. F. M. Bartošovi
- Odpověď na Listy prof. F. M. Bartoše prof. F. Marešovi o RKZ

K otázce rukopisné  (Pražský večerník, 26.5.1926)
Vědecké methody realismu. [Zasláno.] (Národní listy, 27.5.1927)
Odborník. "Jeden z nejzávažnějších a nejpřesvědčivějších důkazů podvrženosti Rukopisu královédvorského" nově objevený. (Fronta 1933-34/č. 31 až 35)
Důležitost objektivních nálezů na RKZ.  (Zprávy ČsR - 1935/1)
Zkoumání hmoty písma RZ.  (Zprávy ČsR - 1935/2)
Poznámky k článku doc. Jindř. Šebánka: "Rukopisy" po stránce paleografické  (Zprávy ČsR - 1937/8)
Za prof. Pekařem.  (Zprávy ČsR - 1937/9-10)
Poznámky k článkům prof. F. Trávníčka: "Rukopisy" po stránce jazykové (Zprávy ČsR - 1937/9-10)
Dzieje misternego falszerstwa.  (Zprávy ČsR - 1938/14)
Rukopisy z hlediska literárně historického. (Zprávy ČsR - 1938/17-18)
Josef Pekař a Rukopisy  (Národní obnova 1939)
Bodhisatwa a Tiesus Vardas o našich Rukopisech.  (Zprávy ČsR - 1939/1)
Nenáviděná poesie.  (Zprávy ČsR - 1939/3)
Vítězství nad Tatary u Olomouce r. 1241.  (Zprávy ČsR - 1939/3)
Jak Lumír pěstuje národní kulturu.  (Zprávy ČsR - 1940/5)
Hrad Skála v Černém lese.  (Zprávy ČsR - 1940/6-7)
Zajímavé historické poznatky o kněžně Libuši.  (Zprávy ČsR - 1940/6-7)

Národní Výzva
- Jako habilitační přednáška o RKZ  (NV 1935/10)
- Důvody proti rehabilitaci rukopisů  (NV 1935/11)
- Výstavy našich Rukopisů  (NV 1935/28)
- Nové Československo  (NV 1936/10)
- K rozpravě o rukopisech K. a Z. v čsl. rozhlase  (NV 1936/19)
- Rukopisy na mezinárodním kolbišti  (NV 1937/5)
- Opět popěrač Rukopisů - tento s "historickým smyslem"  (NV 1937/12)
- recenze: Jan Miszewski: "Walka o czeskie Rekopisy"  (NV 1937/23)

Knihy a články o prof. Marešovi (ve vztahu k Rukopisům):
Dr. Arnošt Kraus:  Vědecké metody pana profesora Dr. Frant. Mareše, zvláště v otázce Rukopisů  (1928)
F. M. Bartoš: Listy profesoru F. Marešovi o RKZ  (1937)
M. Matoušek: Fysiolog František Mareš a jeho idealistická filosofie  (1960)
M. Nakonečný: Vědec, filozof a politik František Mareš  (FORUM UK - 1998/2)
V. Šlajchrt: Neviditelný profesor  (Litery 1998)
M. Nakonečný: František Mareš (Národní myšlenka 2007)