Právě jako exaktný badatel byl Mareš svým jemným svědomím vědeckým přímo nucen zúčtovati si záhady, které byly podkladem a podmínkou jeho vědecké práce. Co to jest experiment a jaký jest jeho význam? Co se jím může dokázati a co nikoliv? V čem jest tzv. exaktné poznání a jaká jest jeho hodnota? Co jest předmět a podmět vědecký a jak jest zúčastněn při díle vědeckém? Co jest skutečnost a jaké má stupně? Co jest v díle vědeckém pravda a co iluse? Kolik dočasného a přibližného má každá vědecká teorie?
F. X. Šalda v článku: František Mareš, osvoboditel (Kmen 1917/č. 37)
Publikace prof. Mareše:
Vědecké methody realismu zvláště v otázce Rukopisů
(1927)
Klamnost důkazů podvržení RKZ (1928)
Boj proti Rukopisům kteraký by konec měl vzíti (1929)
Pravda o Rukopisech Zelenohorském a Královédvorském
(1931)
Poslední vzdory pravdě o Rukopisech (1933)
Marnost bojů proti Rukopisům (1933)
Starodávné básně rukopisů Zelenohorského a Královédvorského
(1934)
Remarques sur le probléme des Manuscrits tchéques (1936)
Strach z pravdy (1937)
Nepravdivé legendy o RZK (1938)
Studie a články prof. Mareše:
PROTI SOFISMATŮM sborník odpovědí
na nejnovější protirukopisové kampaně (Praha 1937)
- Poznámky k článku doc. Jindř. Šebánka:
"Rukopisy" po stránce paleografické
- Poznámky k článkům prof. Fr. Trávníčka: "Rukopisy" po stránce
jazykové
- Odpověď univ. prof. Dra. F. Mareše na
"Otevřený list" prof. Trávníčka
- List prof. Mareše p. prof. F. M. Bartošovi
- Odpověď na Listy prof. F. M. Bartoše
prof. F. Marešovi o RKZ
K otázce rukopisné (Pražský večerník, 26.5.1926)
Vědecké methody realismu. [Zasláno.] (Národní listy, 27.5.1927)
Odborník. "Jeden z nejzávažnějších a nejpřesvědčivějších důkazů podvrženosti
Rukopisu královédvorského" nově objevený. (Fronta 1933-34/č. 31 až 35)
Důležitost objektivních nálezů na RKZ. (Zprávy ČsR - 1935/1)
Zkoumání hmoty písma RZ. (Zprávy ČsR - 1935/2)
Poznámky k článku doc. Jindř. Šebánka:
"Rukopisy" po stránce paleografické (Zprávy ČsR - 1937/8)
Za prof. Pekařem. (Zprávy ČsR - 1937/9-10)
Poznámky k článkům prof. F. Trávníčka: "Rukopisy" po stránce jazykové (Zprávy
ČsR - 1937/9-10)
Dzieje misternego falszerstwa. (Zprávy ČsR
- 1938/14)
Rukopisy z hlediska literárně historického. (Zprávy ČsR - 1938/17-18)
Josef Pekař a Rukopisy
(Národní obnova 1939)
Bodhisatwa a Tiesus Vardas o našich Rukopisech.
(Zprávy ČsR - 1939/1)
Nenáviděná poesie. (Zprávy ČsR - 1939/3)
Vítězství nad Tatary u Olomouce r. 1241.
(Zprávy ČsR - 1939/3)
Jak Lumír pěstuje národní kulturu.
(Zprávy ČsR - 1940/5)
Hrad Skála v Černém lese.
(Zprávy ČsR - 1940/6-7)
Zajímavé historické poznatky o kněžně Libuši.
(Zprávy ČsR - 1940/6-7)
Národní Výzva
- Jako habilitační přednáška o RKZ (NV 1935/10)
- Důvody proti rehabilitaci rukopisů (NV 1935/11)
- Výstavy našich Rukopisů (NV 1935/28)
- Nové Československo (NV 1936/10)
- K rozpravě o rukopisech K. a Z. v čsl. rozhlase (NV 1936/19)
- Rukopisy na mezinárodním kolbišti (NV 1937/5)
- Opět popěrač Rukopisů - tento s "historickým smyslem" (NV 1937/12)
- recenze: Jan Miszewski: "Walka o czeskie Rekopisy" (NV 1937/23)
Knihy a články o prof. Marešovi (ve vztahu k Rukopisům):
Dr. Arnošt Kraus: Vědecké metody pana profesora
Dr. Frant. Mareše, zvláště v otázce Rukopisů (1928)
F. M. Bartoš:
Listy profesoru F. Marešovi o RKZ (1937)
M. Matoušek: Fysiolog František Mareš a jeho
idealistická filosofie (1960)
M. Nakonečný: Vědec, filozof a politik František Mareš
(FORUM UK - 1998/2)
V. Šlajchrt:
Neviditelný profesor (Litery 1998)
M. Nakonečný: František Mareš (Národní myšlenka 2007)